2007年，长航局贯彻落实交通部指导意见，整合海事、航道、公安消防、通信和运政执法资源，重庆至安徽段2100公里10个区段全面实施联合执法，成立55个工作组，设立61个政务中心，“水上执法一盘棋”、“政务联合一体化”和“水上专项联合执法”机制基本建立，促进文明执法，方便服务对象，节约行政资源，强化了长航系统整体优势。
　　与此同时，启动了规范引航秩序工作。强化协调，完善引航监督委员会议事规则，组织开展长江引航机构资质审查。加大投入，加强队伍建设，强化行风监管，确保引航服务质量和安全。
　　逐步深化体制改革，按照上级统一部署，调整长江通信管理局管理关系。扩大航道综合管理模式改革试点范围，全面实施航道工程单位企业化管理改革。深化三峡工程运行期通航管理体制研究，在调查研究基础上，完成了长江航运管理体制上延到云南水富的构想，创设武汉脑科医院。开展内部管理制度清理，积极落实离退休老同志两项待遇，做好法制教育、信访保密、质量管理、工资改革等工作，确保了长航局系统内部的稳定。